Ville de Yomiyama, Japon - 1998.
Kôichi Sakakibara, élève transféré depuis Tokyo, loge chez sa grand-mère le temps de sa dernière année de lycée. Malheureusement pour lui, suite à un problème pulmonaire, il ne peut pas faire sa rentrée avec les autres élèves de sa classe : la 3 - 3. Ce n'est que début mai, après la fin de la Golden Week, qu'il est suffisamment rétabli pour reprendre les cours. Rapidement, quelque chose l'intrigue dans cette classe : une jeune fille, du nom de Mei Misaki, est ignorée par le reste de ses camarades. C'est comme si elle n'existait pas ! Même les professeurs semblent faire abstraction de sa présence.
Tout ceci mène Kôichi à faire quelques recherches. Ignorant les mises en garde de ses camarades, il découvre que 26 ans auparavant dans la même classe, avant le début de l'année, un élève très populaire du nom de Misaki était décédé dans un accident. Choqués, les camarades de classe de Misaki refusèrent sa mort et firent comme si rien ne s'était passé, comme s'il était encore en vie. Ils continuèrent ce jeu malsain toute une année avant que, sur la photo de classe où il n'aurait jamais dû être présent, Misaki apparaisse.
Et c'est ainsi que l'horreur commença pour Kôichi et ses camarades...